国際人権NGOアムネスティ・インターナショナルの日本支部として1970年に設立。 世界の人権侵害について調査し、状況改善のために活動している。 難民に関しては、国内外の難民・難民申請者の人権擁護のため、アドボカシー活動を行う。

カトリックの国際団体であるイエズス会の日本の社会問題に取り組むセンターの1つ。外国人のための無料法律相談、足立インターナショナル・アカデミーでの外国人労働者の子どもたちの教育ニーズへの対応、成人外国人への識字教育等を行っている。

移住者・難民のためのサポートセンター。困難を抱える外国人を支援し、日本社会に適応し、互いに成長できる関係作りをサポート。難民支援に関しては、生活相談、食糧・日用品・衣料品支援、日本語教室、医療相談、入国管理局への面会差入等を行っている。

カリタスジャパンは、日本カトリック司教協議会の一委員会、また世界165カ国の国際カリタスネットワークの一員として、国内外における援助活動 （緊急援助、開開発援助）や啓発活動（人権・福祉に関する社会的課題の共有と理解の促進）を行っている。

主に日本に定住するインドシナ難民・条約難民、中国からの帰国者、日系定住者の子弟への自立支援に取り組む（学業継続のための生活支援金支給や助言、日本語の習得などをサポートする学習支援室の運営など）。また、日本で生活する外国出身者からの生活相談にも応じている。

1997年に設立された弁護士団体。個々の弁護士が、ビルマ弁護団、クルド弁護団等の弁護団に参加するなどして法的代理人としての支援活動を行うとともに、難民問題についての情報共有、勉強会実施、声明・提言の発表、関係省庁との意見交換実施等にも取り組む。

1989年に発足した難民や外国人労働者の問題に取り組む超教派キリスト教団体。収容されている難民申請者への面会支援活動や仮放免中の難民申請者の支援をはじめ、教派を超えて諸教会が直面する外国人信徒支援における諸問題の相談に対応する一方、難民問題の意識喚起に向けたコンサートやセミナーの開催等啓発活動を行っている。

日本にいる難民へ、難民認定のための法的支援や緊急ニーズに対する生活支援、自立に向けた定住支援などを行っている。制度改善のための政策提言・調査研究、および情報発信にも力を入れ、難民保護を目的として総合的に活動している。1999年設立。

日本司教協議会の社会司教委員会内にある委員会。日本の難民・移住者の基本的人権の尊重がされる社会を目指し活動を展開。各教区、各地域で難民支援を行う司牧関係者間の必要な情報取集・伝達、協力・連携支援をはじめとした活動に取り組んでいる。

ジュネーブに本拠を置く国際ネットワーク（International Social Service）の日本支部として、2カ国以上に関わる国際・多文化社会福祉を実践する。子ども・家族の問題解決を図る他、難民の相談援助等、収容所でのカウンセリング、生活相談、メンタルヘルスケアなど、難民の心理社会支援を行っている。

キリストの愛を実践するため1909年に設立。以降、教育・福祉・宣教の分野で助成事業を国内外で幅広く展開。1984年に開始した難民支援事業の柱は、難民申請者数十名へのシェルター無償提供と、財力の弱い難民に大学卒業までの学費を全面的に支援すること。

公的な保護制度が十分でなく、孤立しがちな無国籍者の地位の安定・向上を目指し、2009年に設立。日本内外のNGOや研究者等と協力し、無国籍や国籍の問題に悩む人たちへの法律相談、無国籍に関する調査、情報収集、アドボカシー等に取り組んでいる。

2002年より関西を拠点に活動を行うNGO。生活支援・法的支援をはじめとした在日難民申請者の支援に取り組み、住居（シェルター）の提供等も行っている。また、より良い難民認定制度に向けた難民問題の情報発信、セミナーやイベントの開催等にも取り組む。尚、RAFIQ（ラフィック）とはペルシャ語アラビア語で「友だち」という意味。

2003年に結成され、難民、難民申請者の経済的・社会的自立に向けた支援に取り組む。奨学金の提供、難民と協働したビーズアクセサリーの制作・販売、広報・啓発活動に加え、文化交流事業の実施、法的支援、就業・生活相談等の個別支援にも取り組む。

名古屋を中心とした地域での難民申請者数の急増を受け、2012年に設立。2013年NPO法人登記。国際保護を受けるべき難民が法的に保護され安定して自立した生活を送れるよう、法的支援や生活困窮状態の難民のセーフティネットの確保に向けた生活支援に取り組んでいる。

国連の難民支援機関であるUNHCR（国連難民高等弁務官事務所）の活動を支えるために、UNHCRの日本の公式支援窓口として2000年に設立。個人や企業・団体など、日本の民間に向けた広報・募金活動を行うほか、日本の難民に対する高等教育支援を行う。

国際協力、研究、文化交流など様々な形でアフリカに関わる人によるネットワーク団体。アフリカへの理解促進、アフリカのNGOとの連携、日本のアフリカ出身者との協力・支援、子どもたちのアフリカンキッズクラブなどを行っている。

日本にきた難民の若者たちと共に未来を築く団体。2018年に法人設立以来、厳しい難民認定の日本で、一人ひとりがキャリアや人生の目標を追求できる道筋を多様なセクターとの協働を通じて目指している。一人ひとりへの丁寧な伴走が強みのキャリアプログラム「JobCopass」では、就労を通じた在留資格の安定化を目指しつつ、難民人材の経験やスキルを、日本企業のダイバーシティ推進・イノベーション創出に活かす方法を模索している。

団体名はウガンダ人LGBTI難民につけてもらいました。毎日多くのLGBTI難民と連絡しあって常に”つながっている”団体は、わたしたちの団体だけだからです。主にアフリカのLGBTI難民に経済支援とケニアUNHCRへの情報提供をしてますが、日本に来ているLGBTI難民を日本のLGBTIコミュニテイーにつないだりもしています。LGBTI当事者にしか理解できないような問題もあるので、日本のLGBTI当事者がフォローする必要があります。

「すべての人にチャンスを」を合言葉に「機会の平等を通じた貧困削減」と「パートタイムでできる社会貢献のモデル作り」を実現するべく2007年に発足した認定NPO。国内の難民に対して、就労サポートや学習支援奨学金などの自立支援活動を中心とした難民支援に取り組む。

日本に逃れてきた難民に対してシェルター、情報提供、手続き支援、定住支援を行っている。難民が自立して日本社会で生活し、地域社会とつながり、寛容性と多様性にあふれた多民族・多文化共生社会づくりを目指す。鎌倉にあるイエズス会の修道院を活動拠点にしている。

1977年設立以来、多様な背景の外国人に対し日本語教育を行う。特に難民については1979年より会員たちが難民事業本部の委託を受けインドシナ難民、条約難民、第三国定住難民への日本語教育に携わるほか、教材開発、自主事業としての生活日本語教室等、難民が自立して生活するために活動を続けている。